长期的肛交行为可使阴茎龟头损伤，可使肛门括约肌松弛、肛门粘膜充血、红肿或裂开，甚至出现大便失禁、直肠脱垂。肛交是否需要治疗以及能否治疗都是有争议的问题，有人认为肛交是正常性活动的组成部分。

但是，由于长期肛交会造成局部器官的严重损害，也可能造成一方严重的心理伤害，因而不可掉以轻心。在有了肛交癖好又希望矫治的时候，精神分析疗法、行为疗法都可不妨一试。